Systeembiologie 2015

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatic Data Analysis | Docenten | ExtraWiskunde |

Hertentamen vindt plaats op donderdag 2 juli, 9.00-12.00 uur, Educatorium alpha.

Rooster

Periode 3 begint op 2 februari en eindigt op 9 april. Op maandagen is er van 13.15 tot 15.00 werkcollege en/of computerpracticum en van 15.15 tot 17.00 hoorcollege. Op dinsdagen en donderdagen is er van 9.00 tot 11.00 hoorcollege en van 11.00 tot 15.00 werkcollege en/of computerpracticum. Voor de zalen en de tijden zie dit rooster en hieronder.

De cursus begint met 7 weken met een combinatie van Wiskunde voor biologen en Theoretische Biologie (toets op 17 maart), daarna volgen 3 weken Bioinformatic Data Analysis (toets op 9 april). Zie wederom dit rooster.

Groepsindeling

Alle studenten zijn ingedeeld door eerstejaars tutorgroepen samen te voegen en de recidivisten te verdelen over een aantal groepen (zie onderstaande tabel). Iedere groep heeft haar eigen zaal en hoofdassistent. Bij deze hoofdassistent moet je je gemaakte opgaves laten aftekenen voor het bonuspunt. Daarnaast lopen er een aantal extra assistenten en de docent zelf rond. Om 14.15 op maandagen en 13.15 op dinsdagen en donderdagen zullen de studentassistenten de moeilijkste vragen klassikaal bespreken.

Voor de groepen 1,3,4,5,6 en 7 zijn de werkcolleges en computerpractica in het Minnaert. Voor groep 2 zijn de werkcolleges en computerpractica afwisselend in het Minnaert, Buys Ballotgebouw, David de Wied gebouw en het Van Unnik gebouw. Onze excuses hiervoor, dit heeft te maken met een tijdelijk gebrek aan zaalruimte. Als je in groep 2 zit: kijk goed op het gedetailleerde rooster om te zien in welke zaal je op welke dag les hebt!

Zaal/GroepTutorgroep nr of
Recid. met achternaam (R[A-Z])
ZaalHoofdAssistent Wisk./Theor.Biol.Hoofdassistent Bioinf.
1 A03, A08, B04, B07
-
MIN-018 VincentVincent
2 A01, A05, A06, A10
-
MIN-205 / BBG-112
BBG-115/ DDW-042 /
UNNIK-101
HiljeHilje
3 A04, A07
RC, RD
MIN-016 NickNick
4 B01, B10
RA, RE, RG
MIN-021MicheleDiego
5 B02, B09
RB, RH, RK, RL
MIN-022 RutgerRutger
6 B03, B08
RM, RN, RR, RS, RT, RV, RW, RZ
MIN-023 SamLidija
7 A02, A09, B05, B06
-
MIN-025JaapJolien

Klik hier om te achterhalen in welke groep je zit

Planning

Hieronder volgt een korte beschrijving van wat we op welke dag in het hoorcollege, werkcollege en computerpracticum behandelen.

Wiskunde en Theoretische Biologie (Kirsten ten Tusscher & Rob de Boer)

DatumHoorcollegeWerkcollege ComputerpracticumLocatie
ma 2 feb Introductie van het vak;
Lezing door Kirsten ten Tusscher "..."
Vragenuurtje exponenten, logaritmes en breuken
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H9 en H10;
DWO modules A en B HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 3 feb H1 Theor.Biol.: Introduction
Bring both readers!
Opgaves Theor.Biol. 1.0 t/m 1.6
Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-115
do 5 feb H1 Wiskunde: 1D Systems Opgaves Wisk. H1: 0, 1, 3, 4acf, 5, 6 Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Wit
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-115
ma 9 feb Lezing door Kirsten ten Tusscher "Begrijpen van hartritmestoornissen"
Vragenuurtje vergelijkingen en limieten
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H11 en H12 DWO modules C en D HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 10 feb H2 Theor.Biol.: Population growth
Opgaves Theor.Biol. H2, allemaal
Doe in ieder geval 2.1 over de Heckrunderen
Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-115
do 12 feb H2 Wiskunde: Introduction 2D systems
Opgaves Wisk. H2: allemaal Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, UNNIK-101
ma 16 feb Lezing door Rutger Hermsen "Kwantitatieve groefysiologie van bacterien"
Vragenuurtje afgeleides berekenen en functies tekenen
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H13 en H14
DWO modules E en F HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 18 feb H3 Wiskunde: Equilibrium types
Opgaves Wisk H3: allemaal Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, DDW-042
do 19 feb H3 Theor.Biol. Lotka-Volterra model
Opgaves Theor.Biol H3, allemaal Afmaken / Extra oefenen DWO HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, DDW-042
ma 23 feb Lezing door Rob de Boer "Migratie van immuncellen in lymfoid weefsel"
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Lees Theor.Biol H5 Competitive exclusion
Opgaves Theor.Biol H5, allemaal
- HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 24 feb H4 Wiskunde Limit cycles, Oscillations
Neem vandaag beide readers mee!
Opgaves Wisk. H4: allemaal
Introductie Grind: Theor Biol. H12: 12.1-12.2 HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-115
do 26 feb H4 Theor. Biol. Functional Response
Opgaves Theor.Biol. H4, allemaal
Vraag hulp bij 4.5
- HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, UNNIK-101
ma 2 maart Lezing door Kirsten ten Tusscher "Ontwikkeling en adaptatie in Planten"
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Lees Theor.Biol. H6 Alternative Model Formalisms Opgaves Theor. Biol. H6, allemaal HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 3 maart H7 Theor.Biol. Gene Regulation. Opgaves Theor.Biol. H7: 7.0-7.6
Voor 7.5 heb je 4.4 nodig
Voor 7.6 lees M. Scheffer artikel
Grind Project: Theor Biol. H12: 12.3 of 12.4 HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-115
do 5 maart H8 Theor. Biol. Viral Infections. Opgaves Theor.Biol. H8: 8.0-8.5 Grind Project: Theor Biol. H12: 12.3 of 12.4 HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, DDW-042
ma 9 maart Lezing door Paulien Hogeweg "Major Transitions in Evolution"
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
- Grind Project: Theor Biol. H12: 12.3 of 12.4 HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
di 10 maart H9 Theor. Biol. Action Potentials. Opgaves Theor.Biol. H9: 9.1-9.4 Afmaken Grind Project
Grind report: deadline 24:00
HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205
do 12 maart H10 Theor.Biol. Spatial Patterns
H11 Theor. Biol. Excitable media
Opgaves Theor.Biol. H10: 10.1-10.3
Opgaves Theor. Biol. H11: 11.1-11.4
Oefententamens, oefen meerkeuze vragen!
- HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, BBG-112
ma 16 maart Geen college vandaag! Vragenuurtje van 13.00-15.00
Nabespreken Grind report
Afmaken opgaves
- HC: Ruppert Blauw
WC/CP: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, MIN-205

Toets Wiskunde / Theoretische Biologie: 17 maart, Educatorium Gamma, 13.30-16.30

Kijk hier voor informatie over het tentamen en oefententamens.

Bioinformatic Data Analysis (Bas Dutilh)

Datum Hoorcollege Self study / Werkcolleges / Computer practicals
do 19 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Reader chapters 1 and 2: "Introduction to Bioinformatics" and "Quantifying sequence similarity"
Bring your Campbell Biology book!

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: UNNIK-105
Time: 11.00 - 15.00. Note that there will be no student assistants present today!

Self study: Read Campbell 9th edition: chapter 5 (5.1 Macromolecules, 5.4 Proteins, and 5.5 Nucleic acids), chapter 20 (20.1 DNA cloning), chapter 21 (Evolution of genomes).
      In Campbell 10th edition, this corresponds to: chapter 5 (5.1 Macromolecules, 5.4 Proteins, 5.5 Nucleic acids, and 5.6 Genomics and proteomics), chapter 19 (19.1 DNA sequencing and cloning), and chapter 20 (Evolution of genomes).
Self study: Read Wikipedia page about DNA sequencing.
Werkcollege: Reader chapter 1.

ma 23 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 15.15 - 17.00

Reader chapter 3: "Sequence alignment"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: MIN-205
Time: 13.15 - 15.00

Werkcollege: Reader chapter 2.

di 24 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Reader chapters 3 and 4: "Visualizing alignments" and "Databases"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: UNNIK-105
Time: 11.00 - 15.00

Self study: Extra studie materiaal: Logaritmes en exponenten (Antwoorden)
Werkcollege: Reader chapter 3.
Computer practicum: CP1

do 26 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Reader chapter 4: "Heuristic searches" and "E-values"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: UNNIK-105
Time: 11.00 - 15.00

Computer practicum: CP2

ma 30 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 15.15 - 17.00

Reader chapter 5: "Abundance profiles" and "Clustering"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: MIN-205
Time: 13.15 - 15.00
Werkcollege: Reader chapter 4.
Mini-Project: Choose a Mini-Project here. Find scientific literature about your selected topic and design your research strategy.
di 31 maart Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Reader chapter 6: "Phylogenetic trees" and "Maximum Parsimony and Maximum Likelihood"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: BBG-103
Time: 11.00 - 15.00

Werkcollege: Reader chapter 5.
Computer practicum: CP3

do 2 april Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Reader chapter 6: "Bootstrapping" and "Orthology and paralogy"

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: DDW-042
Time: 11.00 - 15.00
Werkcollege: Reader chapter 6.
Mini-Project: Work on your Mini-Project.
di 7 april Location: Ruppert Blauw
Time: 9.00 - 11.00

Recapitulate and questions

Location: MIN-016, MIN-018, MIN-021, MIN-022, MIN-23, MIN-025, groep 2: MIN-205
Time: 11.00 - 15.00
Mini Project: Continue on your Mini-Project and write your Mini-Article.
Werkcollege: Work on your Mini-Project and catch up on previous exercises.
The deadline for uploading your Mini-Article has passed. Good luck at the exam!
do 9 april - Location: Educatorium Gamma
Time: 17.00 - 20.00

Bioinformatic Data Analysis toets

Bioinformatic Data Analysis toets 9 april, Educatorium Gamma, 17.00-20.00

Kijk hier voor oefententamens. Sla de vragen over Hidden Markov Models over.

Please remember to fill in the evaluation forms!

Hertentamen vindt plaats op donderdag 2 juli, 9.00-12.00 uur, Educatorium alpha.


Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatic Data Analysis | Docenten | ExtraWiskunde |


Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 24 June 2015 / K.H.W.J.TenTusscher@uu.nl