Systeembiologie 2014

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |

Rooster

Periode 3 begint op 3 februari en eindigt op 11 april. Op maandagen is er van 13.15-15.00u hoorcollege en van 15.15-17.00u werkcollege. Op dinsdagen en donderdagen is er van 9-11u hoorcollege en van 11-15u werkcollege en/of computerpracticum. Voor de zalen en de tijden zie het rooster op de biologiepagina en hieronder.

De cursus begint met 7 weken met een combinatie van Wiskunde voor biologen en Theoretische Biologie (toets op 18 maart), daarna volgen 3 weken Bioinformatica (toets op 10 april). Zie wederom het rooster op de biologiepagina.

Groepsindeling

Alle studenten zijn ingedeeld door eerstejaars tutorgroepen samen te voegen en de recidivisten te verdelen over een aantal groepen (zie onderstaande tabel). Iedere groep heeft haar eigen zaal en hoofdassistent. Bij deze hoofdassistent moet je je gemaakte opgaves laten aftekenen voor het bonuspunt. Daarnaast lopen er een aantal extra assistenten en de docent zelf rond. Om 16.15 op maandagen en 13.15 op dinsdagen en donderdagen zullen de studentassistenten de moeilijkste vragen klassikaal bespreken.

Werkcolleges zijn in het Minnaert en BBL, computerpractica in het Minnaert. Op dinsdagen en donderdagen zijn er vaak zowel werkcolleges als computerpractica. De studenten zijn daarom onderverdeeld in drie grote groepen: A, B en C, die beurtelings werkcollege en computerpracticum hebben (zie rooster op de biologiepagina) en hieronder.
GroepTutorgroep nr of
Recid. met achternaam (R[A-Z])
Op dagen met alleen werkcollegeOp dagen met zowel werkcollege als computer practicumHoofdassistent
1 (A) A01, A02, A03,
RC, RD
Minnaert 018 Minnaert 018Lian
2 (A) A04, A05, A06,
RE, RG, RJ
Minnaert 022Minnaert 022Sam
3 (B) A07, A08,
RB, RH, RM
Minnaert 025 WC: BBL 061; CP: Minnaert 025 Remie
4 (A) A09, A10, B10 Minnaert 016Minnaert 016Hannah
5 (A) B01, B02, B03, B04, RW Minnaert 023 Minnaert 023Sjors
6 (A) B05, B06, RL, RP, RO
RV, RZ, RR, RT
Minnaert 021 Minnaert 021Iris
7 (C) B07, B08, B09,
RS, RK, RT
BBL061 WC: BBL061; CP: Minnaert 025 Laura & Laurens

Klik hier om te achterhalen in welke groep je zit

Planning

Hieronder volgt een korte beschrijving van wat we op welke dag in het hoorcollege, werkcollege en computerpracticum behandelen.

Wiskunde en Theoretische Biologie (Levien van Zon & Rob de Boer)

DatumHoorcollegeWerkcollege CPLocation
ma 3 feb Chap. 2 Wiskunde: Linear Algebra & Complex Numbers
video college
Opgaves 0 t/m/4, finish Ch 1
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 4 feb Chap. 1 Theor.Biol. Introduction
video college
Bring both readers!
Opgaves 1.0 t/m 1.6
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
do 6 feb Chap. 3 Wiskunde 1D Systems
video college
0, 1, 3, 4acf, 5, 6 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
ma 10 feb Chap. 2 Theor.Biol. Population growth
video college
Maak alle opgaves
Doe in ieder geval 2.1 over de Heckrunderen
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 11 feb Chap. 4 Wiskunde Introduction 2D Systems
video college
0,1,2,3,4 en 6 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
do 13 feb Chap. 5 Wiskunde Equilibrium types of 2D Systems
video college
0, 1abfg, 2, 3 en 5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
ma 17 feb Chap. 3 Theor.Biol. Lotka-Volterra Model
video college
Maak alle opgaves - (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 18 feb Chap. 6 Wiskunde Linearisation of 2D Systems, Jacobian
video college
0, 1abcgh, 2, 3ad,4, en 5a Computeropgaven Mathematica
Neem beide readers mee!
(A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 20 feb Chap. 7 Wiskunde Trace-Determinant, graphical Jacobian
video college
0, 1ac, 2, 3, 4, 5, en 6 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
ma 24 feb Chap. 4 Theor.Biol. Functional Response
video college
Maak alle opgaves en vraag hulp bij 4.5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 25 feb Chap. 8 Wiskunde Limit cycles, Oscillations
video college
0, 1, 2, 4, en 5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
do 27 feb Chap. 5 Theor. Biol. Gene Regulation
video college
Maak de opgaven 5.0-5.4
Voor 5.5 heb je 4.4 nodig
Voor 5.6 lees M. Scheffer artikel uit bundel
Introduction Grind (Chap. 11) (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 3 maart Chap. 6 Theor.Biol. Viral Infection
video college
Opgaven 6.0-6.5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 4 maart Chap. 8 Theor.Biol. Action Potentials. Lecture by Levien van Zon
video college
8.1-8.4 Grind Project (Chap. 11) (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 6 maart Chap. 9 Theor. Biol. Spatial Patterns. Lecture by Levien van Zon
video college
9.1-9.3 Finish exercises
Finish Grind Project
Grind report: deadline 24:00
(A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 10 maart Chap. 10 Theor. Biol. Excitable Media. Lecture by Levien van Zon
video college
10.1-10.4 - (A + B): Minnaert
(C): BB
di 11 maart Lecture "Major Transitions in Evolution", by Prof. P. Hogeweg
video college
Finish exercises Spatial pattern formation (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 13 maart Geen college vandaag! Question hour 13.00-15.00 !
Nabespreken Grind report
Spatial pattern formation (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 17 maart Zelfstudie - - -

Toets Wiskunde / Theoretische Biologie: 18 maart, 13.30-16.30 Educatorium Gamma

Kijk hier voor informatie over het tentamen.

Bioinformatica deel (Can Kesmir)

DatumHoorcollegeSelf Study Werkcollege CPLocation
do 20 maart Introduction and Chapter 2
Bring Your Campbell
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Repeat Campbell 5, 20, and 21.

Chap. 1 exercises
- - -
ma 24 maart Chapter 2
Lecture video 2013
Slides and audio 2014


Chapter 2, 2.1-2.6
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 25 maart Sequence logos
Chapter 3
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Extra studie materiaal: Logaritmes en exponenten
Antwoorden
Chapter 2, 2.7-2.9
Chapter 3, 3.2
CP1 (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 27 maart Chap. 3
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
-
Chap. 3
CP2 (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 31 maart Chapter 4
Lecture video 2013
Bring your Campbell.
Slides and audio 2014
Campbell chap 26.
Chap. 4 (multiple choice, 4.1-4.6) - (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 1 april Chapter 4 and 5
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Chap. 4 CP3
(A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 3 april Chapter 5
Slides and audio 2014

Chapter 5 and Catchup Project (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 7 april Lecture by Dr. Snel
Lecture video 2013
Catch up Sample exam Project (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 8 april geen college vandaag - Project (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
zo 13 april - Submit Bioinformatica mini-project report, deadline 24:00 - - -

Bioinformatica toets 10 april 13:30-16:30 JAARBEURS- HAL 4

We hebben een aantal oude tentames verzameld op deze website. Overslagen de vragen over Hidden Markov Models.

Please remember to fill in the evaluation forms!

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |


Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 14 April 2014 / K.H.W.J.TenTusscher@uu.nl