Systeembiologie 2015

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |

Rooster

Periode 3 begint op 2 februari en eindigt op 9 april. Op maandagen is er van .. tot .. werkcollege en/of computerpracticum en van ... tot ... hoorcollege. Op dinsdagen en donderdagen is er van 9-11u hoorcollege en van 11-15u werkcollege en/of computerpracticum. Voor de zalen en de tijden zie het rooster op de biologiepagina en hieronder.

De cursus begint met 7 weken met een combinatie van Wiskunde voor biologen en Theoretische Biologie (toets op 17 maart), daarna volgen 3 weken Bioinformatica (toets op 9 april). Zie wederom het rooster op de biologiepagina.

Groepsindeling

Alle studenten zijn ingedeeld door eerstejaars tutorgroepen samen te voegen en de recidivisten te verdelen over een aantal groepen (zie onderstaande tabel). Iedere groep heeft haar eigen zaal en hoofdassistent. Bij deze hoofdassistent moet je je gemaakte opgaves laten aftekenen voor het bonuspunt. Daarnaast lopen er een aantal extra assistenten en de docent zelf rond. Om 16.15 op maandagen en 13.15 op dinsdagen en donderdagen zullen de studentassistenten de moeilijkste vragen klassikaal bespreken.

Werkcolleges zijn in het Minnaert en BBL, computerpractica in het Minnaert. Op dinsdagen en donderdagen zijn er vaak zowel werkcolleges als computerpractica. De studenten zijn daarom onderverdeeld in drie grote groepen: A, B en C, die beurtelings werkcollege en computerpracticum hebben (zie rooster op de biologiepagina) en hieronder.
GroepTutorgroep nr of
Recid. met achternaam (R[A-Z])
Op dagen met alleen werkcollegeOp dagen met zowel werkcollege als computer practicumHoofdassistent
1 (A) A01, A02, A03,
RC, RD
Minnaert 018 Minnaert 018Lian
2 (A) A04, A05, A06,
RE, RG, RJ
Minnaert 022Minnaert 022Sam
3 (B) A07, A08,
RB, RH, RM
Minnaert 025 WC: BBL 061; CP: Minnaert 025 Remie
4 (A) A09, A10, B10 Minnaert 016Minnaert 016Hannah
5 (A) B01, B02, B03, B04, RW Minnaert 023 Minnaert 023Sjors
6 (A) B05, B06, RL, RP, RO
RV, RZ, RR, RT
Minnaert 021 Minnaert 021Iris
7 (C) B07, B08, B09,
RS, RK, RT
BBL061 WC: BBL061; CP: Minnaert 025 Laura & Laurens

Klik hier om te achterhalen in welke groep je zit

Planning

Hieronder volgt een korte beschrijving van wat we op welke dag in het hoorcollege, werkcollege en computerpracticum behandelen.

Wiskunde en Theoretische Biologie (Kirsten ten Tusscher & Rob de Boer)

DatumHoorcollegeWerkcollege CPLocation
ma 2 feb Introductie van het vak;
Vragenuurtje exponenten, logaritmes en breuken
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H9 en H10;
DWO modules ...
- -
di 3 feb H1 Theor.Biol.: Introduction
Bring both readers!
Opgaves Theor.Biol. 1.0 t/m 1.6
- -
do 5 feb H1 Wiskunde: 1D Systems Opgaves Wisk. H1: 0, 1, 3, 4acf, 5, 6 - -
ma 9 feb Lezing door ...;
Vragenuurtje vergelijkingen oplossen en limieten uitrekenen
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H11 en H12;
DWO modules ..
- -
di 10 feb H2 Theor.Biol.: Population growth
Opgaves Theor.Biol. H2, allemaal
Doe in ieder geval 2.1 over de Heckrunderen
- -
do 12 feb H2 Wiskunde: Introduction 2D systems
Opgaves Wisk. H2: ... - -
ma 16 feb Lezing door ....
Vragenuurtje afgeleides berekenen en functies tekenen
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
Opgaves Wisk. H13 en H14;
DWO modules ...
- -
di 18 feb H3 Wiskunde: Equilibrium types
Opgaves Wisk H3: - -
do 19 feb H3 Theor.Biol. Lotka-Volterra model
Opgaves Theor.Biol H3, allemaal - -
ma 23 feb Lezing door ....
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
- - -
di 24 feb H4 Wiskunde Limit cycles, Oscillations Opgaves Wisk. H4: - -
do 26 feb H4 Theor. Biol. Functional Response
Opgave Theor.Biol. H4, allemaal
Vraag hulp bij 4.5
Introduction Grind (Chap. 11) -
ma 2 maart Lezing door ...
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
- - -
di 3 maart H6 Theor.Biol. Viral infections. Opgaves Theor.Biol. H6: 6.0-6.5 Grind Project (H11) -
do 5 maart H8 Theor. Biol. Action potentials. Opgaves Theor.Biol. H8: 8.1-8.4 Grind Project (H11) -
ma 9 maart Lezing door ....
Let op het hoorcollege is na het werkcollege!
- - -
di 10 maart H9 Theor. Biol. Spatial Patterns. Opgaves Theor.Biol. H9: 9.1-9.3 Afmaken Grind Project
Grind report: deadline 24:00
-
do 12 maart H10 Theor.Biol. Excitable media Opgaves Theor.Biol. H10: 10.1-10.4 Spatial pattern formation -
ma 16 maart Geen college vandaag! Vragenuurtje van 13.00-15.00
Nabespreken Grind report
Afmaken opgaves
Spatial pattern formation -

Toets Wiskunde / Theoretische Biologie: 17 maart, tijd en plaats volgen later

Kijk hier voor informatie over het tentamen en oefententamens.

Bioinformatica deel (Can Kesmir)

DatumHoorcollegeSelf Study Werkcollege CPLocation
do 19 maart Introduction and Chapter 2
Bring Your Campbell
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Repeat Campbell 5, 20, and 21.

Chap. 1 exercises
- - -
ma 23 maart Chapter 2
Lecture video 2013
Slides and audio 2014


Chapter 2, 2.1-2.6
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 24 maart Sequence logos
Chapter 3
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Extra studie materiaal: Logaritmes en exponenten
Antwoorden
Chapter 2, 2.7-2.9
Chapter 3, 3.2
CP1 (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 26 maart Chap. 3
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
-
Chap. 3
CP2 (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 30 maart Chapter 4
Lecture video 2013
Bring your Campbell.
Slides and audio 2014
Campbell chap 26.
Chap. 4 (multiple choice, 4.1-4.6) - (A + B): Minnaert
(C): BBL
di 31 maart Chapter 4 and 5
Lecture video 2013
Slides and audio 2014
Chap. 4 CP3
(A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
do 2 april Chapter 5
Slides and audio 2014

Chapter 5 and Catchup Project (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
di 7 april Lecture by Dr. Snel
Lecture video 2013
Catch up Sample exam Project (A): Minnaert
(B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
zo 12 april - Submit Bioinformatica mini-project report, deadline 24:00 - - -

Bioinformatica toets 9 april, tijd en plaats volgen later

Kijk hier voor oefententamens. Sla de vragen over Hidden Markov Models over.

Please remember to fill in the evaluation forms!

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |


Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 25 November 2014 / K.H.W.J.TenTusscher@uu.nl