Systeembiologie 2016

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatic Data Analysis | Docenten | ExtraWiskunde |

Hertentamen: 7 juli 2016, 9.00-12.00 in Ruppert 038 Je bent automatisch ingeschreven als je minstens een 4 als eindcijfer had

Rooster

Periode 3 begint op 8 februari en eindigt op 15 april. Op maandagen is er van 13.15 tot 15.00 hoorcollege en van 15.15 tot 17.00 werkcollege/computerpracticum. Op dinsdagen en donderdagen is er meestal van 9.00 tot 11.00 hoorcollege en van 11.00 tot 15.00 zelfstudie en werkcollege/computerpracticum. Alleen op 9 en 11 februari en op 7 april zijn de hoorcolleges van 11.00-12.45 en beginnen de zelfstudie en werkcolleges dus pas om 13.00. Voor de zalen en de tijden zie dit rooster en het rooster hieronder.

De cursus begint met 5 weken Bioinformatic Data Analysis (toets 14 maart), daarna volgen 5 weken waarin een combinatie van Wiskunde en Theoretische Biologie wordt onderwezen (toets op 14 april). Zie wederom dit rooster.

Groepsindeling

Jullie zijn onderverdeeld in 10 groepen. Deze groepen komen in principe overeen met de tutorgroepen, met hieraan toegevoegd MLS studenten en recidivisten. Kijk in onderstaande tabel voor je groepsnummer. Iedere groep heeft haar eigen zaal en hoofdassistent. Bij deze hoofdassistent moet je je gemaakte opgaves laten aftekenen voor het bonuspunt. Daarnaast lopen er een aantal extra assistenten en de docent zelf rond.

De eerste 5 groepen vormen samen "super"groep A, de tweede 5 groepen vormen samen "super"groep B.
Op dinsdag heeft groep A van 11.00-13.00 werkcollege/computerpracticum en van 13.00-15.00 zelfstudie en groep B heeft van 11.00-13.00 zelfstudie en van 13.00-15.00 werkcollege/computerpracticum.
Op donderdag heeft groep A van 11.00-13.00 zelfstudie en van 13.00-15.00 werkcollege/computerpracticum en groep B van 11.00-13.00 werkcollege/computerpracticum en van 13.00-15.00 zelfstudie. Op maandagen hebben alle groepen tegelijk werkcollege/computerpracticum.
Zie ook het gedetailleerde rooster hieronder.

In verband met roosteringsproblemen hebben we niet iedere keer dezelfde zalen voor de werkcolleges/computerpracticum. Kijk dus iedere keer goed in het gedetailleerde rooster om te zien in welke zaal je die dag les hebt! Hetzelfde geldt voor de hoorcolleges.

GroepTutorgroep nr of
MLS/Recid. met achternaam (R[A-Z])
HoofdAssistent Wisk./Theor.Biol.
1 1
B
Emma
2 2
H
Esther
3 3
K
Sieuwkje
4 4
M
Abdullahi
5 5
V
Peter
6 6
R
Emma
7 7
T
Esther
8 8
W
Sieuwkje
9 9
E, U
Abdullahi
10 10
A
Peter

Klik hier om te achterhalen in welke groep je zit

Planning

Hieronder volgt een korte beschrijving van wat we op welke dag in het hoorcollege en werkcollege/computerpracticum behandelen. Verder vind je hier een gedetailleerd rooster voor de locaties van de hoorcolleges en werkcolleges/computerpractica.

Bioinformatic Data Analysis (Bas Dutilh) en DWO (Kirsten ten Tusscher)

DatumHoorcollegeOnderwerp WC/CPLocatie WC/CP
ma 8 feb Ruppert Blauw
13:15-15:00
Introductie van het vak;
Introductie Bioinformatica (PDF)
Introductie DWO (digitale wiskunde omgeving);
Wiskunde toets
Introductie DWO
groep 1 en 2 KBG-228;
groep 3 UNNIK-103;
groep 4 UNNIK-104;
groep 5 en 6 UNNIK-106;
groep 7 en 8 UNNIK-107;
groep 9 en 10 UNNIK-108;
di 9 feb KBG Cosmos
Let op, het college is van 11.00-12.45!
Sequencing, function, and files (PDF)
Exercises Chapter 1 and 2
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
13.00-17.00:
groep 1 UNNIK-101 (Emma & Sieuwkje)
groep 2 UNNIK-105 (Diego & Esther)
groep 3 UNNIK-106 (Leny)
groep 4 en 5 UNNIK-107 (Peter, Abdillahi, & Jolien)
Group 6-10 self study
do 11 feb KBG Cosmos
Let op, het college is van 11.00-12.45!
Variables, algorithms, and scripts (PDF)
Exercises Chapter 1 and 2
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
13.00-17.00:
groep 6 UNNIK-101 (Emma & Sieuwkje)
groep 7 UNNIK-105 (Diego & Esther)
groep 8 UNNIK-106 (Leny)
groep 9 en 10 DDW-0.42 CLZ (Peter, Abdillahi, & Jolien)
Group 1-5 self study
ma 15 feb Ruppert Blauw
13:15-15:00
Visit Studium Generale
Nabespreking Exercises Chapter 1 and 2
Nested loops and sequence space (PDF)
Identifying identity (PDF)
DWO modules Exponenten en Logaritmes en Breuken groep 1 en 2 KBG-228;
groep 3, 4, 5, 6, 7 RUPPERT-038;
groep 8 UNNIK-104;
groep 9 en 10 UNNIK-106;
di 16 feb Ruppert Blauw
9.00-10.45
Quantifying protein sequence similarity (PDF)
Sequence alignment (PDF)
Exercises Chapter 3 and 4
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 1 UNNIK-101 (Emma & Sieuwkje)
groep 2 UNNIK-103 (Diego)
groep 3 UNNIK-104 (Leny)
groep 4 UNNIK-105 (Abdillahi, & Jolien)
groep 5 UNNIK-106 (Peter)
Group 6-10 self study
do 18 feb Educatorium Megaron
9.00-10.45
Sequence motifs and sequence logos (PDF)
Multiple sequence alignment (PDF)
Exercises Chapter 3 and 4
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 6 BBG-115 CLZ (Emma & Sieuwkje)
groep 7 KBG-228 (Diego)
groep 8 UNNIK-105 (Leny)
groep 9 en 10 UNNIK-107 (Peter, Abdillahi, & Jolien)
Group 1-5 self study
ma 22 feb Ruppert Blauw
13:15-15:00
Nabespreking Exercises Chapter 3 and 4
Databases (PDF)
DWO modules Vergelijkingen oplossen en Limieten en asymptoten groep 1, deel groep 4 BBG-112 CLZ;
groep 2, deel groep 4 BBG-115 CLZ;
groep 3, deel groep 4 BBG-175 CLZ;
groep 5 en 6 UNNIK-106;
groep 7 en 8 UNNIK-107;
groep 9 en 10 UNNIK-108;
di 23 feb Ruppert Blauw
9.00-10.45
Heuristic searches (PDF)
Exercises Chapter 5
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 1 UNNIK-101 (Emma & Sieuwkje)
groep 2 UNNIK-103 (Diego & Esther)
groep 3 UNNIK-105 (Leny)
groep 4 UNNIK-106 (Abdillahi & Jolien)
groep 5 KBG-228 (Peter)
Group 6-10 self study
do 25 feb Educatorium Megaron
9.00-10.45
P-values and E-values (PDF)
Exercises Chapter 5
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 6 KBG-228 (Emma & Sieuwkje)
groep 7 UNNIK-105 (Diego & Esther)
groep 8 UNNIK-106 (Leny & Abdillahi)
groep 9 en 10 UNNIK-107 (Peter & Jolien)
Group 1-5 self study
ma 29 feb Ruppert Blauw
13:15-15:00
Nabespreking Exercises Chapter 5
High-throughput screens and abundance profiles (PDF)
DWO modules Differentieren en Grafieken tekenen groep 1 BBG-112 CLZ;
groep 2 BBG-115 CLZ;
groep 3 en 4 DDW-0.42 CLZ;
groep 5 en 6 KBG-228;
groep 7 en 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 UNNIK-107
di 1 ma Ruppert Blauw
9.00-10.45
Distances and clustering (PDF)
Exercises Chapter 6
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 1 BBG-115 CLZ (Emma & Sieuwkje)
groep 2 BBG-175 CLZ (Diego & Esther)
groep 3 KBG-228 (Leny & Sophia)
groep 4 UNNIK-101 (Abdillahi)
groep 5 UNNIK-105 (Jolien)
Group 6-10 self study
do 3 ma Educatorium Megaron
9.00-10.45
Metagenomics case stories (PDF)
Exercises Chapter 6
The self study groups are expected to read this week's chapter(s) and additional reading, and make the exercises.
Write down any questions you have.
11.00-15.00:
groep 6 UNNIK-101 (Emma & Sieuwkje)
groep 7 UNNIK-103 (Diego)
groep 8 UNNIK-104 (Leny)
groep 9 UNNIK-105 (Abdillahi)
groep 10 UNNIK-106 (Sophia & Esther)
Group 1-5 self study
ma 7 maart Ruppert Blauw
13:15-15:00
Nabespreking Exercises Chapter 6
Phylogenetic trees (PDF)
Exercises Chapter 7 15:15-17:00
groep 1 en 6 DDW-0.42 CLZ (Emma & Sieuwkje)
groep 2 en 7 UNNIK-101 (Diego & Esther)
groep 3 en 8 UNNIK-105 (Leny & Sophia)
groep 4 en 9 UNNIK-106 (Abdillahi)
groep 5 en 10 UNNIK-107 (Jolien)
di 8 maart Ruppert Blauw
9.00-10.45
Bootstrapping (see PDF yesterday)
Prepare for the exam. Write down any questions you have. Self study, you can use UNNIK-101, UNNIK-105, UNNIK-106, and DDW-042 CLZ. No assistants available.
do 10 maart Educatorium Megaron
9.00-10.45
Orthology and paralogy (PDF)
Nabespreking Exercises Chapter 7
Ask questions to Bas Dutilh.
Ask questions to the assistants. 11.00-12.45
groep 6 KBG-228 (Emma & Sieuwkje)
groep 7 UNNIK-106 (Diego & Esther)
groep 8 BBG-115 CLZ (Leny & Sophia)
groep 9 en 10 DDW-042 CLZ (Abdillahi & Jolien)
13:15-15:00
groep 1 KBG-228 (Emma & Sieuwkje)
groep 2 UNNIK-106 (Diego & Esther)
groep 3 BBG-115 CLZ (Leny & Sophia)
groep 4 en 5 DDW-042 CLZ (Abdillahi & Jolien)

Toets Bioinformatica: 14 maart, Educatorium Gamma, 13.30-16.30
tegelijk ook:
Toets Basiswiskunde: 14 maart, Educatorium Gamma, 13.30-16.30

Kijk hier voor oefententamens. Sla de vragen over Hidden Markov Models over, maar let op dat het hoofdstuk "Talking to Computers" erbij is gekomen.

GroepTutorgroep nr of
MLS/Recid. met achternaam (R[A-Z])
HoofdAssistent Wisk./Theor.Biol.
1 1
B
Emma
2 2
H
Esther
3 3
K
Sieuwkje
4 4
M
Abdullahi
5 5
V
Peter
6 6
R
Emma
7 7
T
Esther
8 8
W
Sieuwkje
9 9
E, U
Abdullahi
10 10
A
Peter

Wiskunde en Theoretische Biologie (Rob de Boer en Kirsten ten Tusscher)

DatumHoorcollegeOnderwerp WC/CPLocatie WC/CP
di 15 ma Ruppert Blauw
Theor. Biol. H1
Theor. Biol. H1: 1.1-1.6
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 1 BBG-115 CLZ;
groep 2 BBG-175 CLZ;
groep 3 KBG-228;
groep 4 UNNIK-101;
groep 5 UNNIK-106
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 6 BBG-115 CLZ;
groep 7 BBG-175 CLZ;
groep 8 KBG-228;
groep 9 UNNIK-101;
groep 10 UNNIK-106
do 17 ma ANDROS-C101
Wiskunde H1
Wiskunde H1 1-3;4a,c,e de 1-3,f; 5-6
Opgave 6 kun je ook in DWO maken
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 6 BBG-115 CLZ;
groep 7 KBG-228;
groep 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 RUP-042;
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 1 BBG-115 CLZ;
groep 2 KBG-228;
groep 3 UNNIK-106;
groep 4 en 5 RUP-040;
ma 21 ma Ruppert Blauw
Theor. Biol. H2
Theor. Biol. H2: alles behalve 2.5e
H2 sectie 2.4 is geen tentamenstof
antwoord bonus opgave
groep 1 en 6 KBG-228;
groep 2, 7, 3, 8, 4 RUPPERT-038;
groep 9 UNNIK-104;
groep 5 en 10 UNNIK-108;
di 22 ma Ruppert Blauw
Wiskunde H2
Wiskunde H2: 1-5
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 1 UNNIK-101;
groep 2 UNNIK-105;
groep 3 UNNIK-106;
groep 4 en 5 UNNIK-107
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 6 UNNIK-101;
groep 7 UNNIK-105;
groep 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 UNNIK-107
do 24 ma KBG-Cosmos
Theor. Biol. H3
Theor. Biol. H3: alles
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 6 BBG-106 CLZ
groep 7 BBG-109 CLZ;
groep 8 BBG-112 CLZ;
groep 9 BBG-115 CLZ;
groep 10 KBG-2228
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 1 BBG-106 CLZ
groep 2 BBG-109 CLZ;
groep 3 BBG-112 CLZ;
groep 4 BBG-115 CLZ;
groep 5 KBG-2228
di 29 ma Ruppert Blauw
Neem vandaag ook je Theor. Biol. dictaat mee!
Wiskunde H3 en H4
Wiskunde H3: 1a,3, 4;
antwoord bonus opgave
DWO "2D Systemen: Coexistentie of niet";
Wiskunde H4: 1,2 (alleen de eerste)
Theor Biol H12: Introductie in Grind
Wiskunde H4: 3
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 1 UNNIK-101;
groep 2 UNNIK-105;
groep 3 UNNIK-107;
groep 4 BBG-115 CLZ
groep 5 BBG-175 CLZ
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 6 UNNIK-101;
groep 7 UNNIK-105;
groep 8 UNNIK-107;
groep 9 BBG-115 CLZ
groep 10 BBG-175 CLZ
do 31 ma ANDROS-C101
Theor. Biol. H4
DWO "2D Systemen: Lotka-Volterra"
Theor. Biol. H4: alles
Vraag evt. hulp bij 4.5
antwoord bonus opgave
Grind project
Zelfstudie: lees H6, maak opgaves 6.1 en 6.2
11.00-13.00:
groep 6 BBG-115 CLZ;
groep 7 KBG-228;
groep 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 UNNIK-107
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 1 BBG-115 CLZ;
groep 2 KBG-228;
groep 3 UNNIK-106;
groep 4 en 5 UNNIK-107
ma 4 ap Ruppert Blauw
Theor. Biol. H7
Theor. Biol. H7: 7.1-7.6
Voor opgave 7.5 heb je opgave 4.4 nodig
Voor opgave 7.6 lees je het Scheffer artikel
antwoord bonus opgave
groep 1 en deel groep 6 BBG-112 CLZ;
groep 2 en deel groep 6 BBG-115 CLZ;
groep 7 en deel groep 6 BBG-175 CLZ;
groep 3 en 8 DW-0.42 CLZ;
groep 4 en 9 KBG-228;
groep 5 en 10 UNNIK-108
di 5 ap Ruppert Blauw
Theor. Biol. H9
Theor. Biol. H9: 9.1-9.4
Opgave 4 kun je ook in DWO maken
Grind project
Zelfstudie Theor. Biol. H6: lezen en opgaves maken
antwoord bonus opgave
11.00-13.00:
groep 1 UNNIK-101;
groep 2 UNNIK-105;
groep 3 UNNIK-106;
groep 4 en 5 DDW-0.42 CLZ
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 6 UNNIK-101;
groep 7 UNNIK-105;
groep 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 DDW-0.42 CLZ
do 7 ap KBG Cosmos
Let op, het college is van 11.00-12.45!
Theor. Biol. H10 & H11
Ruppert Wit 9.30-10.45 Tutoractiviteit: Symposium Urban Biology
Theor. Biol. H10: 10.1-10.3, H11: 11.1-11.4
afmaken Grind project
13.00-15.00:
groep 6 UNNIK-106;
groep 7 UNNIK-107
groep 8 UNNIK-108;
groep 9 en 10 DDW-0.42 CLZ
     
     
     
     
     
15.00-17.00:
groep 1 UNNIK-106;
groep 2 UNNIK-107
groep 3 UNNIK-108;
groep 4 en 5 DDW-0.42 CLZ
ma 11 ap Ruppert Blauw
Theor. Biol. H8
Theor. Biol. H8: 8.1-8.5
antwoord bonus opgave
groep 1 BBG-115 CLZ;
groep 2 en 7 DDW-0.42 CLZ;
groep 6 KBG-228;
groep 3 en 8 UNNIK-106;
groep 4 en 9 UNNIK-107;
groep 5 en 10 UNNIK-108
di 12 ap Ruppert Blauw
Lezing Paulien Hogeweg
Vragenuur
Oefenen voor tentamen
11.00-13.00:
groep 1 UNNIK-101;
groep 2 UNNIK-105;
groep 3 UNNIK-106;
groep 4 en 5 UNNIK-107
     
     
     
     
     
13.00-15.00:
groep 6 UNNIK-101;
groep 7 UNNIK-105;
groep 8 UNNIK-106;
groep 9 en 10 UNNIK-107

Wiskunde en Theoretische Biologie toets 14 april, 9.00-12.00, Olympos, hal 2

Kijk hier voor informatie over het tentamen en oefententamens.

Please remember to fill in the evaluation forms!


Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatic Data Analysis | Docenten | ExtraWiskunde |


Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 07 June 2016 / K.H.W.J.TenTusscher@uu.nl