Systeem Biologie 2013

Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |

Rooster

Periode 3 begint op 4 februari en eindigt op 12 april. Op maandagen is er van 9-11u hoorcollege en van 11-13u werkcollege. Op woensdagen en vrijdagen is er van 9-11u hoorcollege en van 11-15u werkcollege en/of computerpracticum. Voor de zalen en de tijden zie het rooster op de biologiepagina.

De cursus begint met 3 weken Bioinformatica (toets op 27 februari), daarna volgen 7 weken met een combinatie van Wiskunde voor biologen en Theoretische Biologie (toets op 12 april). Zie wederom het rooster op de biologiepagina.

Groepsindeling

Alle studenten zijn ingedeeld door eerstejaars tutorgroepen samen te voegen en de recidivisten te verdelen over een aantal groepen (zie onderstaande tabel). Iedere groep heeft haar eigen zaal en hoofdassistent. Bij deze hoofdassistent moet je je gemaakte opgaves laten aftekenen voor het bonuspunt. Daarnaast lopen er een aantal extra assistenten en de docent zelf rond. Op maandagen van 11.00-13.00u en op woensdagen en vrijdagen van 11:00-13:50u zijn de assistenten aanwezig om af te tekenen voor het bonuspunt en om je te helpen met de opgaven die je niet (helemaal) kon maken. Op woensdagen en vrijdagen tussen 13:50-15.00u zijn de zalen beschikbaar om in groepjes aan de opgaven te werken. Om 12.15 op maandagen en 13.15 op woensdagen en vrijdagen zullen de studentassistenten de moeilijkste vragen klassikaal bespreken.

Werkcolleges zijn in het Minnaert en BBL, computerpractica in het Minnaert. Op woensdagen en vrijdagen zijn er vaak zowel werkcolleges als computerpractica. De studenten zijn daarom onderverdeeld in drie grote groepen: A, B en C, die beurtelings werkcollege en computerpracticum hebben (zie rooster op de biologiepagina).
GroepTutorgroep nr of
Recid. met achternaam (R[A-Z])
Alleen werkcollegeWerkcollege en computer practicumHoofdassistent
1 (A) A02, A05, A06, A09 Minnaert 018 Minnaert 018Ilja
2 (A) A10, B01, B04, B07 Minnaert 022Minnaert 022Hilje
3 (A) A01, A03, A04
RA, RC
Minnaert 023 Minnaert 023 Redmar
4 (A) A07, RF, RK, RM, RN,
RO, RR, RT, RU, RV, RW
Minnaert 016Minnaert 016Ties
5 (B) A08, B02, B03, RD Minnaert 025 WC: BBL 061; CP: Minnaert 025Merlijn
6 (B) B05, RB, RS Minnaert 021 WC: BBL 061; CP: Minnaert 021Jaap
7 (C) B06, B08, B09,
RE, RG, RI, RJ
BBL061 WC: BBL061; CP: Minnaert 025 Rutger
8 (C) B10, RH, RL, RP, RZ
BBL061 WC: BBL061; CP: Minnaert 021 Margot

Klik hier om te achterhalen in welke groep je zit

Planning

Hieronder volgt een korte beschrijving van wat we op welke dag in het hoorcollege, werkcollege en computerpracticum behandelen.

Bioinformatica deel (Can Kesmir)

DatumHoorcollegeSelf Study Werkcollege CPLocation
ma 4 februari Introduction and Chapter 2
Bring Your Campbell
video college
Repeat Campbell 5, 20, and 21.
Kitano 2002
Chap. 1
-- -
woe 6 februari Chapter 2
video college
Eddy 2004b
Eddy 2004c

Chap.2
Protocol CP1
CP1
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
vrij 8 februari Chapter 3
video college
Chapter 3 Chapter 3 Protocol BLAST
CP2
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 11 februari Chap. 4
video college
Bring Your Campbell
Campbell chap 26.
Chap. 4 (multiple choice + 4.1-4.6)
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 13 februari Chapter 4 & 5 (5.1 + 5.2)
video college
Eddy 2004a Chap. 4 & 5Protocol Phylogeny
CP3
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
vrij 15 februari Chapter 5 & 6
video college
D'haeseleer 2005
Extra studie materiaal: Logaritmes en exponenten
Antwoorden
Chap. 5 & 6 Finalizing the reports
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 18 februari Chap. 2 Wiskunde
Bring Wiskunde reader
video college
Submit CP report, deadline 19:00
Wiskunde Chap. 2: 0, 1, 2, 3, 4, finish Chap. 1 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 20 februari Repeating a selection of subjects/exercises & Question hour
video college
Quackenbush 2001 Catch up Project 1st day (A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
vrij 22 februari Lecture by Dr. Snel
video college
Catchup Sample exam Project 2nd day (A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 25 februari Self study

Submit Bioinformatica mini-project report, deadline 15:00
- - -

Bioinformatica toets 27 februari (EDUC GAMMA, 13:30 uur)

Wiskunde en Theoretische Biologie (Levien van Zon & Rob de Boer)

DatumHoorcollegeWerkcollege CPLocation
vrij 1 maart Chap. 1 Theor.Biol. Introduction
video college
Bring both readers!
Opgaves 1.0 t/m 1.6
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
ma 4 maart Chap. 3 Wiskunde 1D Systems
video college
0, 1, 3, 4acf, 5, 6 - (A + B): Minnaert, (C): BBL
woe 6 maart Chap. 2 Theor.Biol. Population growth
video college
Maak alle opgaves
Doe in ieder geval 2.1 over de Heckrunderen
Er wordt een nieuwe vraag 2.7 uitgedeeld.
- (A + B): Minnaert
(C): BBL
vrij 8 maart Chap. 4 Wiskunde Introduction 2D Systems
video college
0,1,2,3,4 en 6 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
ma 11 maart Chap. 5 Wiskunde Equilibrium types of 2D Systems
video college
0, 1abfg, 2, 3 en 5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 13 maart Chap. 3 Theor.Biol. Lotka-Volterra Model
video college
Maak alle opgaves - (A + B): Minnaert
(C): BBL
vrij 15 maart Chap. 6 Wiskunde Linearisation of 2D Systems, Jacobian
video college
0, 1abcgh, 2, 3ad,4, en 5a Computeropgaven Mathematica
Neem beide readers mee!
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 18 maart Chap. 7 Wiskunde Trace-Determinant, graphical Jacobian
video college
0, 1ac, 2, 3, 4, 5, en 6 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 20 maart Chap. 4 Theor.Biol. Functional Response
video college
Maak alle opgaves en vraag hulp bij 4.5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
vrij 22 maart Chap. 5 Theor. Biol. Gene Regulation
video college
Maak de opgaven 5.0-5.4
Voor 5.5 heb je 4.4 nodig
Voor 5.6 lees M. Scheffer artikel uit bundel
Grind (Chap. 11) (A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 25 maart Chap. 8 Wiskunde Limit cycles, Oscillations
video college
0, 1, 2, 4, en 5 - (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 27 maart Chap. 6 Theor.Biol. Viral Infection
video college
Opgaven 6.0-6.5 Grind (Chap. 11) (A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
vrij 29 maart Goede vrijdag, Geen college vandaag! - - -
ma 1 april Tweede paasdag, Geen college vandaag! - - -
woe 3 April Chap. 8 Theor.Biol. Action Potentials. Lecture by Dr. Kirsten ten Tusscher 8.1-8.4 Grind (Chap. 11) (A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
vr 5 april Chap. 9 and 10 Theor. Biol. Spatial Patterns and Excitable Media. Lecture by Levien van Zon
video college
9.1-9.3, 10.1-10.4 Finish exercises
Grind report: deadline 19.00
(A): Minnaert (B): 11:00-13:00 Minnaert, 13:00-15:00 BBL
(C): 11:00-13:00 BBL, 13:00-15:00 Minnaert
ma 8 april Lecture "Major Transitions in Evolution", by Prof. P. Hogeweg
video college
Finish exercises - (A + B): Minnaert
(C): BBL
woe 10 april Geen college vandaag! Question hour 13.00-15.00 !
Nabespreken Grind report
- (A + B): Minnaert
(C): BBL

Toets Wiskunde / Theoretische Biologie: 12 april 13.30-16.30 (DAVID LLOYD - HAL3, Overvecht)

Kijk hier voor informatie over het tentamen.

Herkansingstoets Wiskunde Bijspijkercursus: 12 april 16.30-17.30 (DAVID LLOYD - HAL3, Overvecht)


Home | Rooster | Wiskunde | Theoretische Biologie | Bioinformatica | Docenten | ExtraWiskunde |


Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 09 April 2013 / R.J.DeBoer@uu.nl