Theoretische Ecologie 2012

Theoretische Ecologie: Computerpractica

Tijdens de computerpractica kun je het gedrag van modellen bestuderen door simulatie en het laten tekenen van isoclines. Hiervoor gebruiken we het sofware-pakket GRIND. Een probleem bij computerwerk is dat je alle parameters van het model een waarde moet geven. Daarom blijft bij het werken met GRIND blijven pen en papier belangrijk. Reken bijvoorbeeld met de hand uit wat de R0 is en waar de isoclines liggen zodat je weet welke parameterwaardes je moet kiezen om een natuurlijke toestandsruimte te maken.

Tijdens de cursus gebruiken we GRIND onder Linux, wat voor de meesten van jullie een nieuw omgeving zal zijn. Om op de computerleerzalen met Linux te werken moet je in het opstartmenu voor Linux kiezen. Daarna kun je gewoon met de Solisid inloggen en wachten tot je in de Linux windows omgeving zit.

Aan het werk:

De eerste keer dat je inlogt type je: /home/projects/bio-binf/setup-binf om alle zoekpaden en dergelijke te definieren.
Start een (of meerdere) terminal windows om Linux commando's te kunen typen.
Maak een model aan door nedit model.grd te typen
Start GRIND door grind model te typen
Het kan handig zijn dit in twee verschillende terminal windows te doen zodat je makkelijk terug kan naar "nedit" om het model te veranderen.
Plaatjes uit GRIND kunnen je saven met export filenaam
Parameters kun je saven door par filenaam.txt
Als je klaar bent moet je uitloggen uit Linux
In het Kruytgebouw kun je printen lpr -PSCMF044 filenaam te typen. Per printje moet je met je chippas betalen: selecteer jouw print in de wachtrijen op de printer.

Een paar Linux commando's

ls "list": Laat alle bestanden in de directory zien
pwd "print working directory": Laat de huidige directory zien
mkdir "make directory": Maak een nieuw directory
cd "change directory": Ga naar een andere directory
cp "copy": Copieer een bestand
rm "remove": Delete een bestand
cat "concatenate": Laat een tekstfile zien
nedit: Start een tekstverwerker
grind: Start GRIND

Een paar handige links:

Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 08 September 2011 / R.J.DeBoer@uu.nl