next up previous
Next: About this document ... Up: immune Previous: immune

Bibliography

Beltman, J. B., Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (2002).
In: Dieckmann, U., Metz, H., Sabelis, M. et al., eds., Adaptive Dynamics of Infectious Diseases. In Pursuit of Virulence Management, vol. 2 of Cambridge Studies in Adaptive Dynamics, pp. 185-197. Cambridge University Press, Cambridge, U.K.DownLoad PDF.

Bonhoeffer, S., Barbour, A. D. & De Boer, R. J. (2002).
Proc. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 269:1887-1893.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M., Beltman, J. B. & De Boer, R. J. (2004).
Immunogenetics., 55:732-739.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (1995).
Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 259:173-178.MEDLINE.

Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (1998a).
Immunol. Today, 19:428-429.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (1998b).
Scand. J. Immunol., 48:283-285.MEDLINE.

Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (2001).
In: Segel, L. A. & Cohen, I. R., eds., Design Principles for the Immune System and Other Distributed Autonomous Systems, pp. 161-183. Oxford University Press, Oxford, U.K.DownLoad PDF.

Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (2002).
Int. Immunol., 14:525-532.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M., De Boer, R. J. & Segel, L. A. (1996).
Bull. Math. Biol., 58:43-63.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M., De Boer, R. J., Sercarz, E. et al. (1998).
J. Immunol., 161:1087-1093.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M., Noest, A. J. & De Boer, R. J. (1999a).
J. Immunol., 163:569-575.DownLoad PDF. MEDLINE.

Borghans, J. A. M., Noest, A. J. & De Boer, R. J. (2003).
Eur. J. Immunol., 33:3353-3358.DownLoad PDF.

Borghans, J. A. M., Taams, L. S., Wauben, M. H. et al. (1999b).
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 96:10782-10787.DownLoad PDF. MEDLINE.

Burroughs, N. J., De Boer, R. J. & Kesmir, C. (2004).
Immunogenetics., 56:311-320.DownLoad PDF. MEDLINE.

Carcelain, G., Saint-Mezard, P., Altes, H. K. et al. (2003).
AIDS, 17:841-850.DownLoad PDF. MEDLINE.

Clark, D. R., De Boer, R. J., Wolthers, K. C. et al. (1999).
Adv. Immunol., 73:301-327.MEDLINE.

Cohen Stuart, J., Hamann, D., Borleffs, J. et al. (2002).
AIDS, 16:2263-2266.DownLoad PDF. MEDLINE.

Cohen Stuart, J. W., Hazenberg, M. D., Hamann, D. et al. (2000).
J. Acquir. Immune Defic. Syndr., 25:203-211.DownLoad PDF. MEDLINE.

Cohen Stuart, J. W., Slieker, W. A., Rijkers, G. T. et al. (1998).
AIDS, 12:2155-2159.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. (1987).
In: Matzinger, P., Flajnik, M., Nemazee, D. et al., eds., The Tolerance Workshop 1986, vol. 2, pp. 58-72. Editiones ``Roche'' Basle, Switzerland.

De Boer, R. J. (1988).
In: Perelson, A., ed., Theoretical Immunology, Part Two, vol. III of SFI Studies in the Science of Complexity, pp. 265-289. Addison-Wesley, Redwood City, CA.

De Boer, R. J. (1989a).
Clonal Selection Versus Idiotypic Network Models of the Immune System: A Bioinformatic Approach..
Ph.D. thesis, Theoretical Biology, Utrecht University.

De Boer, R. J. (1989b).
In: Atlan, H. & Cohen, I., eds., Theories of Immune Networks. Springer-Verlag, Berlin.

De Boer, R. J. (1989c).
In: Goldbeter, A., ed., Cell to Cell Signalling: From Experiments to Theoretical Models, pp. 285-302. Academic Press, London.

De Boer, R. J. (1989d).
Immunol. Lett., 22:101-112.MEDLINE.

De Boer, R. J. (1991a).
Immunol. Today, 12:169.MEDLINE.

De Boer, R. J. (1991b).
Neth. J. Med., 39:254-262.MEDLINE.

De Boer, R. J. (1995).
Mol. Biol. Evol., 12:494-502.

De Boer, R. J. (2002).
Neth. J. Med., 60S:17-26.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Ballieux, R. E. & Hogeweg, P. (1989).
Immunol. Lett., 22:79-82.

De Boer, R. J. & Boerlijst, M. C. (1994).
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 91:544-548.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Boerlijst, M. C., Sulzer, B. et al. (1996).
Bull. Math. Biol., 58:285-312.MEDLINE.

De Boer, R. J., Borghans, J. A., Van Boven, M. et al. (2004).
Immunogenetics., 55:725-731.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Borghans, J. A. M. (1995).
In: Zhang, J. & Raus, F., eds., Autoimmune disease and T cell vaccination: perpectives on clonotypic regulation and propects for therapy., pp. 61-82. R.G. Landes company, Austin, Texas.

De Boer, R. J. & Boucher, C. A. (1996).
Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 263:899-905.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Boucher, C. A. & Perelson, A. S. (1998).
AIDS, 12:1567-1570.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Freitas, A. A. & Perelson, A. S. (2001a).
J. theor. Biol., 212:333-343.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1985).
J. theor. Biol., 113:719-736.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1986a).
In: Hoffmann, G. W. & Hraba, T., eds., Immunology and Epidemiology, vol. 65 of Lecture Notes in Biomathematics, pp. 120-140. Springer-Verlag, Berlin.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1986b).
J. theor. Biol., 120:331-351.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1987a).
J. theor. Biol., 124:343-369.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1987b).
IMA. J. Math. Appl. Med. Biol., 4:1-32.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1989a).
J. theor. Biol., 139:17-38.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1989b).
Bull. Math. Biol., 51:223-246.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1989c).
Bull. Math. Biol., 51:217-222.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Hogeweg, P. (1989d).
Bull. Math. Biol., 51:381-408.MEDLINE.

De Boer, R. J., Hogeweg, P., Dullens, H. F. et al. (1985).
J. Immunol., 134:2748-2758.MEDLINE.

De Boer, R. J., Hogeweg, P. & Perelson, A. S. (1992a).
In: Perelson, A. S. & Weisbuch, G., eds., Theoretical and Experimental insight into Immunology, vol. H66 of NATO ASI Series, pp. 223-247. Springer-Verlag, Berlin.

De Boer, R. J., Homann, D. & Perelson, A. S. (2003a).
J. Immunol., 171:3928-3935.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Kevrekidis, I. G. & Perelson, A. S. (1990).
Chemical Eng. Science, 45:2375-2382.

De Boer, R. J., Michelson, S. & Hogeweg, P. (1986).
J. Immunol., 136:4319-4327.MEDLINE.

De Boer, R. J., Mohri, H., Ho, D. D. et al. (2003b).
Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 270:849-858.DownLoad PDF.

De Boer, R. J., Mohri, H., Ho, D. D. et al. (2003c).
J. Immunol., 170:2479-2487.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Neumann, A. U., Perelson, A. S. et al. (1993a).
In: Demongeot, J. & Capasso, V., eds., Mathematics Applied to Biology and Medicine, pp. 243-261. Wuerz Publishing, Winnipeg, Canada.

De Boer, R. J. & Noest, A. J. (1998).
J. Immunol., 160:5832-5837.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J., Oprea, M., Antia, R. et al. (2001b).
J. Virol., 75:10663-10669.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1991).
J. theor. Biol., 149:381-424.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1993).
Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 252:171-175.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1994).
J. theor. Biol., 169:375-390.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1995).
J. theor. Biol., 175:567-576.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1997).
Int. Immunol., 9:779-790.MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1998).
J. theor. Biol., 190:201-214.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (2005).
J. Comp. Appl. Math., 184:140-164.DownLoad PDF.

De Boer, R. J., Perelson, A. S. & Kevrekidis, I. G. (1993b).
Bull. Math. Biol., 55:745-780.MEDLINE.

De Boer, R. J., Perelson, A. S. & Kevrekidis, I. G. (1993c).
Bull. Math. Biol., 55:781-816.MEDLINE.

De Boer, R. J., Segel, L. A. & Perelson, A. S. (1992b).
J. theor. Biol., 155:295-333.MEDLINE.

De Boer, R. J., Van der Laan, J. D. & Hogeweg, P. (1992c).
In: Stein, W. D. & Varela, F. J., eds., Thinking about Biology, SFI Lectures in Complex Systems, pp. 231-252. Addison-Wesley, Redwood City, CA.

De Jong, M. D., De Boer, R. J., De Wolf, F. et al. (1997).
AIDS, 11:F79-F84.MEDLINE.

De Jong, M. D., Veenstra, J., Stilianakis, N. I. et al. (1996).
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 93:5501-5506.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Ronde, A., Van Dooren, M., Van Der Hoek, L. et al. (2001).
J. Virol., 75:595-602.DownLoad PDF. MEDLINE.

De Weger, R. A., Dullens, H. F. J., De Boer, R. J. et al. (1985).
Immunol. Today, 6:316-317.

Dutilh, B. & De Boer, R. J. (2003).
J. theor. Biol., 224:351-358.DownLoad PDF.

Fleury, S., De Boer, R. J., Rizzardi, G. P. et al. (1998).
Nat. Med., 4:794-801.MEDLINE.

Ganusov, V. V., Pilyugin, S. S., De Boer, R. J. et al. (2005).
J. Immunol. Methods., 298:183-200.DownLoad PDF. MEDLINE.

Goudsmit, J., De Ronde, A., De Rooij, E. et al. (1997).
J. Virol., 71:4479-4484.DownLoad PDF. MEDLINE.

Hazenberg, M. D., Borghans, J. A., De Boer, R. J. et al. (2003a).
Nat. Immunol., 4:97-99.DownLoad PDF. MEDLINE.

Hazenberg, M. D., Cohen Stuart, J. W., Otto, S. A. et al. (2000a).
Blood, 95:249-255.DownLoad PDF. MEDLINE.

Hazenberg, M. D., Otto, S. A., Hamann, D. et al. (2003b).
AIDS, 17:1419-1424.DownLoad PDF. MEDLINE.

Hazenberg, M. D., Otto, S. A., Stuart, J. W. et al. (2000b).
Nat. Med., 6:1036-1042.DownLoad PDF. MEDLINE.

Hazenberg, M. D., Otto, S. A., Van Rossum, A. M. et al. (2004).
Blood, 104:3513-3519.DownLoad PDF. MEDLINE.

Huisman, G. & De Boer, R. J. (1997).
J. theor. Biol., 185:389-400.

Kesmir, C., Borghans, J. A. M. & De Boer, R. J. (2000).
Science, 288:1135a.DownLoad PDF.

Kesmir, C. & De Boer, R. J. (1998).
Scand. J. Immunol., 48:347-349.MEDLINE.

Kesmir, C. & De Boer, R. J. (1999).
J. Immunol., 163:2463-2469.DownLoad PDF. MEDLINE.

Kesmir, C. & De Boer, R. J. (2003a).
Bull. Math. Biol., 65:359-374.DownLoad PDF.

Kesmir, C. & De Boer, R. J. (2003b).
J. theor. Biol., 222:9-22.DownLoad PDF.

Kesmir, C., Van Noort, V., De Boer, R. J. et al. (2003).
Immunogenetics., 55:437-449.DownLoad PDF. MEDLINE.

Korthals Altes, H. K., Ribeiro, R. M. & De Boer, R. J. (2003).
Proc. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci., 270:1349-1358.DownLoad PDF.

Luciani, F., Kesmir, C., Mishto, M. et al. (2005).
Biophys. J., 88:2422-2432.DownLoad PDF. MEDLINE.

Lukashov, V. V., Huismans, R., Jebbink, M. F. et al. (2001).
AIDS Res. Hum. Retroviruses, 17:807-818.DownLoad PDF. MEDLINE.

Marée, A. F. M., Keulen, W., Boucher, C. A. B. et al. (2000).
J. Virol., 74:11067-11072.DownLoad PDF. MEDLINE.

Merrill, S., De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1994).
Rocky Mt. J. Math., 24:214-231.

Müller, V., Marée, A. F. & De Boer, R. J. (2001).
Proc. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 268:235-242.DownLoad PDF. MEDLINE.

Müller, V., Marée, A. F. M. & De Boer, R. J. (2001).
J. Virol., 75:2597-2603.DownLoad PDF. MEDLINE.

Nobile, M., Correa, R., Borghans, J. A. et al. (2004).
Blood, 104:470-477.DownLoad PDF. MEDLINE.

Noest, A. J., Takumi, K. & D Boer, R. J. (1997).
Physica D, 105:285-306.

Pakker, N. G., Notermans, D. W., De Boer, R. J. et al. (1998).
Nat. Med., 4:208-214.MEDLINE.

Perelson, A. S. & De Boer, R. J. (1991).
J. Cell. Biochem., Suppl. 15A:266.
Abstract.

Perelson, A. S., Kirschner, D. E. & De Boer, R. J. (1993).
Math. Biosci., 114:81-125.MEDLINE.

Peters, J. P., Rademakers, L. H., De Boer, R. J. et al. (1987).
J. Pathol., 153:233-244.MEDLINE.

Rizzardi, G. P., De Boer, R. J., Hoover, S. et al. (2000).
J. Clin. Invest., 105:777-782.DownLoad PDF. MEDLINE.

Scheffer, M. & De Boer, R. J. (1995).
Ecology, 76:2270-2277.

Scherer, A., Noest, A. & De Boer, R. J. (2004).
Proc. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 271:609-616.DownLoad PDF. MEDLINE.

Stilianakis, N. I., Boucher, C. A., De Jong, M. D. et al. (1997).
J. Virol., 71:161-168.DownLoad PDF. MEDLINE.

Sulzer, B., De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1996).
Biophys. J., 70:1154-1168.MEDLINE.

Takumi, K. & De Boer, R. J. (1996).
J. theor. Biol., 183:55-66.MEDLINE.

Van Schaik, C. P., Van Noordwijk, M. A., De Boer, R. et al. (1983).
Behav. Ecol. Sociobiol., 13:173-181.

Weisbuch, G., De Boer, R. J. & Perelson, A. S. (1990).
J. theor. Biol., 146:483-499.MEDLINE.

Wolthers, K. C., Noest, A. J., Otto, S. A. et al. (1999).
AIDS Res. Hum. Retroviruses, 15:1053-1062.MEDLINE.



Rob de Boer 2005-09-13